ファクタリングでは、債権譲渡をすることで企業が資金の調達を行うことになり、大きく、ファクタリング会社、利用企業、売掛先企業による3者間による方法と、売掛先企業を含めない2者間による方法の2つがあります。大きな違いとしては取引において売掛先企業が債権譲渡を知りうる立場にいるかどうかがあり、2者間の場合、売掛先企業に知らせることなく債権を譲渡することが可能になります。ここでの疑問点として、果たして相手方に債権譲渡通知なく債権の譲渡ができるのかという点があり、理由としては、民法においては債権譲渡に関しては譲渡通知書の必要性が定められてことがあります。可能となる理由は仕組みにあり、2者間の場合では債権担保融資という形態がとられている点があります。
つまり、利用企業は売掛等の債権を担保にしてファクタリング会社から資金を調達し、売掛金の回収はあくまでも利用企業が行うことがあります。一方、3者間の場合には債権譲渡に関し、それぞれで契約を締結することで行われ、この場合、売掛金に関しては売掛先企業からファクタリング会社に直接入金されることになります。取引における手続きの1つに債権譲渡登記があります。通常、3者間、2者間取引に限らず登記は行われますが、特に2者間の場合には、必ず必要な手続きになります。
大きな理由としてはファクタリング会社が債権保有に関しての権利主張をできることがあり、仮に、行わず複数に債権譲渡が行われていた場合には回収が非常に困難になります。債権譲渡登記のデメリットとしては、必ずではないものの、金融機関に知られる可能性があることや、2者間の場合では売掛先企業に知られる可能性があることを上げることができます。特に2者間の場合、資金繰りや信用に疑問を持たれてしまうというリスクがあります。